Maraming mga alegasyon ng katiwalian
ang lumitaw sa kanyang ikalawang
termino ng kanyang pamumuno.
Maraming mga tao ang naghirap, at
dahil dito tumaas ang kaso ng krimen at
mga kaguluhan sa bansa. Ito ang naging
dahilan sa pagbuo ng mga rebeldeng
grupo katulad ng New People's Army
(NPA), at ng Moro Islamic Liberation Front
na naglalayon na magkaroon ng isang
hiwalay na bansa mula sa Pilipinas.
