Ang namuno sa pamahalaang ito ay si William McKinley. Si Heneral Wesly Meritt naman ang unang nanungkulan sa pilipinas bilang gobernador-heneral.
Layunin ng pamahalaang ito na mapigilan ang mga pag-aalsang maaaring sumiklab sa bansa.
Tungkulin rin nila na mapanatili ang katahimikan at kapayapaan sa Pilipinas.
2. Pamahalaang Sibil
Ang naging gobernador-heneral ng pamahalaang ito ay si William H. Taft.
Ang US Congress ay may ipinasang batas. Ito ay ang Spooner Amendment na nagbigay-daan upang mapalitan na ang pamahalaang militar at ipatupad na ang pamahalaang sibil.
Layunin nito na itaas ang demokratikong pamumuno kung saan ang kapangyarihan ay nasa kamay ng mamamayan.
PINAGKAIBA
Sa pamahalaang militar, walang karapatan o kapangyarihan ang mga tao at mga militar ang namumuno. Samantalang sa pamahalaang sibil, maaaring mamuno ang mga Pilipino.
