Pinakamataas na pamahalaan sa Pilipinas na pinamumunuan ng isang gobernador-heneral. Mayroon lamang dalawang sangay ng pamahalaan ang Pilipinas noong panahong ito: ang ehekutibo at hudisyal

a. Pamahalaang Panlalawigan

b. Pamahalaang Lokal

c. Pamahalaang Sentral

d.Pamamahala ng Royal Council of the Indies​